Los Órganos Desconcentrados son unidades administrativas que, sin perder su vinculación jerárquica con el Ministerio del Poder Popular para la Atención de las Aguas, cuentan con competencias técnicas específicas para la ejecución de programas y proyectos especiales en materia de gestión integral de las aguas.

Entre estos órganos se encuentra el Fondo Nacional para la Gestión Integral de las Aguas (FONAGUAS), cuya función es canalizar y administrar los recursos financieros destinados al desarrollo de la infraestructura hídrica nacional.